Ceeram - Glossaire

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Bactérie	Micro organisme unicellulaire sans noyau (procaryote) dont le génome est un ADN circulaire. Elle contient un seul chromosome possédant plusieurs milliers de gènes qui codent chacun pour une protéine différente. Mais la plupart des bactéries portent aussi des gènes sur d’autres éléments appelés plasmides. Le chromosome porte généralement les gènes indispensables à la survie de la bactérie et les plasmides, ceux nécessaires dans certaines conditions seulement.
Champignon	organisme unicellulaire avec noyau.
Entérovirus	Fait partie de la famille des Picornaviridae, petits (« pico » en grec) virus à ARN, monobrin, en un seul segment. Les entérovirus (poliovirus, coxsackievirus et échovirus) ont des propriétés communes. Ce sont, dans les conditions naturelles, des virus strictement humains. Petits virus à ARN, sans péplos, ils ont la même morphologie en microscopie électronique : virus icosaédriques nus (de 27 nm de diamètre). Comme tous les virus nus, ce sont des virus résistants. Une nouvelle classification divise cet ensemble de virus en entérovirus A, B, C, D et poliovirus. A titre indicatif, les entérovirus persistent de quelques jours à 5 mois dans l'eau du robinet, la mer ou le sol, 2 à 3 mois dans les huîtres. Ils résistent mieux à la chloration et aux autres traitements des eaux que les bactéries.
Génotypage	mise en évidence de régions spécifiques et conservées au sein d’une population dans le but de caractériser et d’identifier un individu au sein de cette population.
Hépatite A	Le virus de l’hépatite A est un virus non enveloppé dont le génome est constitué d’un ARN monocaténaire de polarité positive. Il fait partie de la famille des Picornaviridae, genre Hepatovirus. Trois génotypes (I, II, III) subdivisés chacun en 2 génogroupes A et B sont décrits actuellement chez l’homme.
MLVA	Acronyme pour "Multiple Loci VNTR Analysis" ou "Analyse de plusieurs locus VNTR". VNTR est l'acronyme de "Variable Number of Tandem Repeats" ou "Répétition en Tandem Polymorphe". Il s'agit d'une méthode d'analyse génétique qui exploite comme source de polymorphisme la variation du nombre de motifs dans des répétitions en tandem. Le terme "MLVA" est plus particulièrement utilisé dans le cadre du typage de bactéries. L'amplification d'une collection définie de locus répétés en tandem (par PCR, "Polymerase Chain Reaction") et la mesure de la taille de ces amplicons permet d'assigner à une souche une série de nombres correspondant au nombre d'unités répétées à chaque locus.
Norovirus	Ce sont des virus (NoV) non enveloppés dont le génome est constitué d’un ARN monocaténaire de polarité positive. Ils appartiennent à la famille des Caliciviridae, genre Norovirus. Le genre Norovirus comprend cinq génogroupes parmi lesquels les génogroupes I, II et IV concernent l’homme. Les norovirus sont caractérisés par une très grande variabilité aboutissant à la définition de plusieurs génotypes. Ainsi pour les génogroupes I et II, les plus importants chez l’homme, on différencie actuellement au moins 8 et 17 génotypes.
Parasite	organisme animal ou végétal qui se développe au dépend d'autres organismes appelés hôtes, pendant tout ou partie de leur cycle vital en leur portant préjudice sans entraîner obligatoirement leur destruction.
PCR (Polymerase Chain Reaction)	la réaction de polymérisation en chaîne permet d’amplifier, de multiplier une région spécifique d’une génome. Il existe plusieurs types de PCR dont la PCR en temps réel. Contrairement à la PCR « classique » qui donne un résultat en point final visible sur un gel d’agarose ou d’acrylamide, la temps réel exploite une sonde, couplée à un fluorochrome spécifique du de la séquence à amplifier. A chaque cycle, des fluorochromes sont libérés et la quantité de fluorescence émise est proportionnelle à la quantité d’acides nucléiques présents.
Picornavirus	A picornavirus is a virus belonging to the family Picornaviridae. Picornaviruses are non-enveloped, positive-stranded RNA viruses with an icosahedral capsid. The genome RNA is unusual because it has a protein on the 5' end that is used as a primer for transcription by RNA polymerase. The name is derived from pico meaning small, and RNA referring to the ribonucleic acid genome, so "picornavirus" literally means small RNA virus. Picornaviruses are separated into 12 distinct genera and include many important pathogens of humans and animals. The diseases they cause are varied, ranging from acute "common-cold"-like illnesses, to poliomyelitis, to chronic infections in livestock.
RT-PCR	la rétro-transciptase associée à la PCR permet d’amplifier des régions spécifiques de génome à ARN.
Séquençage	technique permettant de définir la séquence d’acides nucléiques d’une région d’un génome.
TIAC	Une toxi-infection alimentaire collective (TIAC) est une Maladie infectieuse à Déclaration Obligatoire (MDO) qui a lieu lorsqu’il existe « au moins deux cas groupés, avec des manifestations similaires dues à une contamination par un micro-organisme (bactéries en général) ou une toxine.
Virus	particule microscopique infectieuse qui pénètre dans la cellule et l'utilise pour se multiplier et contaminer d'autres cellules. Les virus sont des assemblages de molécules, constitués d'un génome (avec un seul type d’acide nucléique (ARN ou ADN) et d'une enveloppe de lipides et de protéines ou d’une capside protéique . Pour se multiplier, ils détournent à leur profit les mécanismes vitaux de la cellule hôte. Outre l'homme, les animaux, les plantes et même les bactéries peuvent être infectés par des virus.